Футбольний клуб «Ботошані» був заснований у 2001 році. У сезоні 2003/2004 «Ботошані» виграв чемпіонат Ліги III і вийшов до Ліги II. У сезоні 2012/13 клуб здобув перемогу в Лізі II і вийшов до Ліги I, ставши першим в історії представником повіту Ботошані у вищому футбольному дивізіоні Румунії.
У сезоні 2014/15 клуб фінішував на 8-му місці в чемпіонаті Румунії, але отримав право грати в Лізі Європи, так як чотири клуби, що розташувалися вище нього, не отримали ліцензію УЄФА. У Лізі Європи 2015/16 «Ботошані» дійшов до другого відбіркового раунду, де за підсумками двох зустрічей поступився польській «Легії». Це був поки єдиний виступ «Ботошані» в єврокубках.
Минулий сезон команда завершила на підсумковому восьмому місці в Лізі 1 (1 етап - 26 матчів, 11 перемог, 6 нічиїх, 9 поразок, голи - 28:26; 2 етап - 14 матчів, 5 перемог, 5 нічиїх, 4 поразки, голи - 12:9).
До слова, 8-е місце - це поки клубний рекорд «Ботошані», клуб фінішував на цьому місці в Лізі 1 тричі.
Новий сезон в Лізі 1 «Ботошані» розпочне 20 липня виїзним матчем з «Клужем». У міжсезоння команда провела вже три товариські матчі.
26 червня. «Ботошані» - КС «Аеростар» (Бакеу, Румунія) - 0:0
2 липня. «Ботошані» - «Арсенал» (Тула, Росія) - 2:1
4 липня. «Ботошані» - «Олімпіакос» (Пірей, Греція) - 0:5
